Tracker
“Tracker is a free video analysis and modeling tool built on the Open Source Physics(OSP) Java framework. It is designed to be used in physics education.”
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Jmol
“Jmol è un visualizzatore open source che permette di visualizzare le strutture molecolare in 3D:[1] mostra una rappresentazione in 3D di una molecola che può essere utilizzata come strumento di insegnamento,[2] o in campi di ricerca quali chimica e biochimica.”
http://www.jmol.org/
http://sourceforge.net/projects/jmol

Avogadro
“Avogadro is an advanced molecule editor and visualizer designed for cross-platform use in computational chemistry, molecular modeling, bioinformatics, materials science, and related areas.”

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